巧克力囊肿俗称子宫内膜异位症，指在子宫内膜会侵犯患者卵巢的皮质，在其内生长。因为子宫内膜在孕激素周期性的变化和雌激素的影响下，出现周期性的剥落和增生。但是它没有办法选择正确的方法来排出体外，逐渐造成局部堆积，因此容易形成囊肿或小的结节。因为这部分的结节或囊肿表现为红色、紫蓝色或者褐色。

在手术途中打开，会呈现出陈旧巧克力样的颜色，因此医学称呼为巧克力囊肿。巧克力囊肿对卵巢的破坏力比较大，如果患者有尽快怀孕的想法，若因为巧克力囊肿不能怀孕可以选择对其切除，切除后还需要药物来辅助治疗。